《种橘山房医论》围绕妇科理论展开，分为女科调经、女科经闭、带下、小产、临产、产后6部分进行阐述，每部分先论述相关医理，后附各个病种的相关方剂，并有剂量。《临证秘传——砚香识要》分为望闻问切总论、望诊篇、闻诊篇、问诊篇、脉诊篇五篇，其总结了四诊的重要性、诊断的思路及方法，颇具临床价值。《素灵纂要》对《灵枢》与《素问》中的条文进行摘抄，并阐述蔡氏对其的临床体会与理解，分为脏象、经络、病机、脉要、运气、审治诸篇。该书对深入理解《黄帝内经》的临床应用有较高的参考价值。