本研究以形式化方法PAR为基础，综合运用抽象、演绎、泛型等相关方法和机制，探索面向效率的算法演算法则/策略。通过对多序列比对算法族的研究，发现多序列比对算法领域(Domain of Multiple Sequence Alignment Algorithm,MSAA)包含双序列比对算法、启发式多序列比对算法、系统发生树生成算法以及目标函数。