本书主要内容包括：绪论，药物设计实验(第一章)、药物化学实验(第二章)、天然药物化学实验(第三章)、药物分析实验(第四章)、药理学实验(第五章)、生药学实验(第六章)以及药剂学实验(第七章)。

本书共四篇，分别是：导论篇、基础篇、方法篇、应用篇。其中导论篇(第1章)总体介绍药物、药物发现、药物设计等基本概念，药物设计的发展历程、主要特性；基础篇(第2-5章)主要介绍药物设计所需要的分子基础、理论基础、信息学基础以及传统药物设计知识；方法篇(第6-9章)主要介绍靶标识别和预测方法、计算机辅助先导物发现方法、计算机辅助先导物优化方法、临床前研究中的药代动力学性质与毒性预测方法；应用篇(第10章)则为读者选取了几个药物设计的成功实例。