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全书分上下两篇，上篇包括概述、代谢组学研究中常用的分析手段、代谢组学研究中常用的化学计量学方法、代谢组学在中医药研究中的应用等四章；下篇包括代谢组学在中药安全性评价、中医证候本质的揭示、方剂整体疗效的作用机制、中药复方配伍规律研究、中药药效物质基础研究、中药材品质评价研究及其他方面的应用。
