本书共分为：细菌学总论；细菌学各论；真菌学；病毒学总论；病毒学各论几部分，主要内容包括：细菌的形态与结构；细菌的生理；消毒灭菌与生物安全等。

本书共分为医学微生物学实验指导；医学微生物学学习指导两篇，其主要内容包括：实验的目的要求及实验室规则；医学微生物学基础；细菌学各论；微生物自动分析；病毒；病原性真菌等。

本书介绍病毒性疾病方面的有关知识，包括病毒学基础知识、病毒性疾病的病因、预防、诊断及治疗过程中可能遇到的各种问题。对目前较多见的病毒性疾病，如艾滋病、SARS(非典)、狂犬病、禽流感、甲型H1N1流感等进行了重点介绍。