《微生物生态工程》一书由活跃在教学和科研第一线的微生物学和生态学工作者编写，内容分为现代微生物生态学原理和微生物生态工程与技术两部分，适当补充了微生物生态学新理论、新技术，特别是其渗透到能源、生态修复中的应用等。编写力求体现三基（基础理论、基本知识、基本技能），三特（特定对象、特定要求、特定限制）和五性（思想性、科学性、启发性、先进性、适用性），旨在培养学生开拓性学习与思维的精神。

本书系统总结了我国微生态学创始人之一康白教授十年来在研究微生态学方面的相关理论、实践和技术方法，以及他在这一研究领域所获得的诸多成就。全书分导论、上篇、下篇和附篇四大部分。